Visą savo gyvenimą dr. E. Šimkūnaitė paskyrė vaistinių augalų, liaudies medicinos, kraštotyros tyrimui. Ekspedicijų metu įvairiose Lietuvos vietovėse tirdama vaistinių augalų augimvietes, ji rinko ir tautosaką, žodžius lietuvių kalbos žodynui. Surinko jų tūkstančius. Domėjosi archeobotanika, talkino archeologams, nustatydama augalų rūšis ir amžių iš kasinėjimų metu rastų gaisravietėse suanglėjusių augalų liekanų.
Kartu su J. Urbiene parašė knyga „Vaistažolės” (1971 m. Vilnius); 1991 m. parašė ir išleido pasakas su patarimais ir pamokymais „Girios medeliai, žali žaliuonėliai”, „Gyvačių karalystė” (1993 m.), „Ką tik žino „ragana” arba gyvenimas be tablečių” (1994 m.). Daktarė daug rašė straipsnių mokslo populiarinimo temomis.
